کریم باقری فوتبال حرفه‌ایش را از باشگاه تراکتورسازی تبریز آغاز کرد و خیلی زود توانست با توانمندی و شوت‌های قدرتمندش توجه باشگاه کشاورز را جلب کند. او پس از درخشش در کشاورز به پرسپولیس پیوست و با این تیم به اوج رسید. سپس برای تجربه فوتبال در اروپا، راهی باشگاه آرمینیا بیله‌فلد آلمان شد. دوران حضور باقری در باشگاه آلمانی دوام چندانی نداشت و او پس از انتقالی قرضی به النصر امارات، بار دیگر به آرمینیا برگشت و پس از آن راهی باشگاه چارلتون انگلیس شد.
کریم باقری در آرمینیا بیله‌فلد
باقری مدت کوتاهی برای چارلتون اتلتیک بازی کرد و به دلیل فرصت اندک بازی در باشگاه انگلیسی به قطر رفت تا برای السد بازی کند. او سرانجام در سال 1390، بار دیگر به پرسپولیس بازگشت و با شوت‌های دیدنی و نقش برجسته‌ای که در زمین داشت، بارها دل هواداران را به دست آورد. شاید یکی از به‌یادماندنی‌ترین لحظاتش، گلزنی در دربی تهران و پایان دادن به شش تساوی پی‌درپی دو تیم استقلال و پرسپولیس باشد که با شوتی تماشایی در دقایق پایانی بازی را به سود پرسپولیس تمام کرد.
کریم باقری در عرصه ملی با ۸۷ بازی و ۵۰ گل زده برای تیم ملی ایران، لقب گلزن‌ترین هافبک جهان را به خویش اختصاص داد. او با گلزنی در دیدار خاطره‌انگیز ایران و استرالیا در سال ۱۹۹۷، ایران را به جام جهانی ۱۹۹۸ فرانسه رساند و نامش را در تاریخ فوتبال ایران جاودانه کرد. او فوتبال باشگاهی را نیز با پیراهن باشگاه پرسپولیس به‌پایان رساند.
